Historia #4 Era Alexa Fergusona 1986- 2013...

W dzień zwolnienia Atkinsona do klubu przybył Alex Ferguson (Aberdeen) i jego asystent Archie Knox. Doprowadzili zespół do 11. miejsca w lidze. Mimo zajęcia drugiej lokaty w kolejnym sezonie, rok później Manchester United ponownie zakończył rozgrywki na 11. miejscu. Pojawiły się plotki o planowanym zwolnieniu Fergusona, ale zwycięstwo nad Crystal Palace w finale Pucharu Anglii 1990 uratowało jego posadę. W kolejnym sezonie Manchester United zdobył Puchar Zdobywców Pucharów (po finałowym zwycięstwie nad Barceloną 2:1) i wygrał Superpuchar Europy, pokonując 1:0 Crveną Zvezdę Belgrad.W letnim okienku transferowym klub pozyskał za sumę 1,8 mln euro Érica Cantonę. W 1992 zespół po raz drugi z rzędu zagrał w finale Pucharu Ligi Angielskiej – tym razem zwyciężył 1:0 Nottingham Forest w meczu rozegranym na Wembley. W sezonie 1992/1993 drużyna po raz pierwszy od 1967 roku została mistrzem Anglii, a w rozgrywkach 1993/1994 po raz pierwszy od 1957 roku uczyniła to dwa razy z rzędu; wygrała również Puchar Anglii, przez co udało jej się zdobyć pierwszy w klubowej historii dublet. Rok później do zespołu dołączył Andrew Cole.

W sezonie 1998/1999 Manchester United został pierwszym angielskim klubem, który wygrał Premier League, Ligę Mistrzów i zdobył Puchar Anglii podczas jednych rozgrywek – tak zwaną „potrójną koronę”[36]. W finale Ligi Mistrzów rozgrywanym na Camp Nou podopieczni szkockiego trenera przegrywali do 90. minuty z Bayernem Monachium 0:1, ale gole Teddy’ego Sheringhama i Ole Gunnara Solskjæra zapewniły Manchesterowi United zwycięstwo w doliczonym czasie gry. Zespół sięgnął także po Puchar Interkontynentalny, po pokonaniu w finale 1:0 SE Palmeirasu. W uznaniu zasług Alex Ferguson otrzymał od królowej Elżbiety II tytuł szlachecki. W grudniu zespół wygrał Klubowe Mistrzostwa Świata, a wiosną zdobył trzeci z rzędu tytuł mistrza kraju i sięgnął po Puchar Ligi[42][43]. Piłkarze z Old Trafford wystąpili również w finale Ligi Mistrzów, ale tym razem musieli uznać wyższość Barcelony, przegrywając na Stadio Olimpico w Rzymie 0:2.

Latem 2009 roku, za rekordową kwotę 80 milionów funtów, do Realu Madryt został sprzedany Cristiano Ronaldo. Na jego miejsce sir Alex Ferguson sprowadził Mame Dioufa, Michaela Owena oraz Antonio Valencię. W 2010 roku, po pokonaniu w finale Aston Villi, podopieczni Fergusona obronili wywalczony sezon wcześniej Puchar Ligi.

Po zajęciu drugiego miejsca w sezonie 2009/2010, Manchester United w 2011 roku wywalczył 19. tytuł mistrzowski. Dotarł także do finału Ligi Mistrzów, w którym ponownie nie dał rady Barcelonie (porażka 1:3).

Latem 2012 roku klub zakupił napastnika Robina van Persiego. Sezon 2012/2013 zespół zakończył zdobyciem 20. tytułu mistrza Anglii – trofeum zapewnił sobie cztery kolejki przed końcem rozgrywek (3:0 z Aston Villą). Transfer Holendra na Old Trafford okazał się znakomitym posunięciem – van Persie zdobył 26 bramek i został królem strzelców angielskiej ekstraklasy. W tym samym sezonie United odpadli w 1/8 finału Ligi Mistrzów z Realem Madryt (1:1 w Madrycie, 1:2 w Manchesterze) oraz w ćwierćfinale FA Cup z Chelsea (2:2 w Manchesterze, 0:1 w Londynie).

8 maja 2013 Alex Ferguson podjął decyzję, że po zakończeniu sezonu zakończy pracę w Manchesterze United 1 lipca 2013 zastąpił go David Moyes, dotychczasowy menedżer Evertonu F.C. .